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单纯生物肥不能单施，要与有机肥、化肥配合施用才能充分发挥它的效能。如：大豆根瘤菌、磷素活化剂、生物钾肥等。有机-无机-生物复合肥，它是有机肥、无机肥、生物菌剂三结合的肥料制品，既含有作物所需的营养元素，又含有微生物，它可以代替化肥供农作物生长发育。如目前市场销售的生物有机复合肥、绿色食品专用肥、生物有机复合肥等。都是在制造过程中，添加生物菌剂，缩短有机肥的生产周期、增加其速效成分。生物有机肥与传统有机肥的区别在于是工厂化、专业化生产，有人也将这类肥料称之为精制商品有机肥。生物肥具体使用方法有： 1.根瘤菌肥利用各种豆科菌经人工培养制成的各种剂型的根瘤菌肥，主要在豆科植物播种时用于拌种，一般每亩使用0.5公斤。
2.固氮菌肥利用各种固氮菌经人工培养制成的各种剂型固氮接种剂便是固氮菌肥，通常用作禾本科作物接种剂，一般每亩使用0.5～1公斤。
3.解磷菌肥主要功能是提高磷的有效性，其次是能产生某些生长活性物质，促进作物生长，提高产量。解磷菌肥在豆科作物上使用效果更好。既可作拌种剂，也可与有机肥一起作基肥施用，一般宜早用，每亩用量为1公斤。
4.解钾菌肥又称硅酸盐菌肥或微生物钾肥，生产用菌种为芽胞杆菌。其主要功能是提高磷、钾的有效性，其次是能产生一些生长激素，促进作物生长，提高产量。解钾菌肥在各种作物上都能用，在豆科、薯类、瓜果等作物上使用效果更好，既可作拌种剂和蘸根剂，也可与有机肥一起作基肥施用，一般宜早用，每亩用量为 1公斤。
5.抗生菌肥用有抗菌效果和生长刺激作用的特定效放线菌经人工培养制成的菌肥，其主要功能是能抑制土传病原菌和减轻作物根基病害以及刺激作物生长。
6.酵素菌肥酵素菌是由细菌、放线菌和酵素菌三大类21种有益微生物组成的群体，应用于大棚黄瓜、辣椒、西瓜等作物上，具有明显的防病增产效果。
生物菌肥可用于拌种，也可作为基肥和追肥使用，使用时应严格按照说明书的要求操作。生物菌肥只在进入土壤后才能发挥作用，而且生长繁殖有一定碳氮比要求。因此，生物肥料提倡早施，施用后土壤要保持湿润。与有机肥一起施用效果更佳，菌肥对减少蔬菜硝酸盐含量，改善蔬菜品质有明显效果，可在蔬菜上有计划扩大使用。生物肥料中的主要有效物质是活性微生物，因此，在贮存、运输应用中要注意保持菌肥的活性。
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